HandShake, come tutti i software, non è esente da errori. Tuttavia dispone di un sistema di gestione degli errori sofisticato che consente la registrazione dei messaggi di errore tramite la console del programma. Inoltre tutti i messaggi sono memorizzati in un file di log (handshake.log) nella cartella del programma. La path di creazione del file log è configurabile tramite il file.config.