HandShake dispone di un sofisticato sistema di logging che permette di re-direzionare tutti i messaggi prodotti dal programma. Questi messaggi possono essere salvati in un file di log, inviati via rete, salvati in un database o in altri formati su richiesta.

Le impostazioni di configurazione sono parzialmente gestite dal software e in parte impostate nel file di configurazione NLOG.ini nella cartella dell’eseguibile.